กลยุทธ์ที่ทำให้มีความถูกต้องของลำดับเบสเพิ่มมากขึ้น (Strategies to improve accuracy) EP.3
กลยุทธ์เพิ่มเติมที่จะช่วยเพิ่มความถูกต้องให้แก่การหาลำดับเบส นอกเหนือจากการพัฒนาในส่วน nanopore และ motor protein แล้ว ยังมีกลยุทธ์อีกหลายอย่างที่ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อเพิ่มความถูกต้องในการหาลำดับเบส คุณภาพของข้อมูลสามารถพัฒนาได้โดยการอ่าน dsDNA แต่ละสายซ้ำหลายๆรอบ เพื่อให้ได้ลำดับที่พบบ่อย (consensus sequence), คล้ายกับกลยุทธ์ที่ใช้กับ
เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications (ep.2)
การออกแบบของ ONT มีแนวคิดตั้งแต่ปี ค.ศ. 1980 ได้ค้นพบโปรตีนชนิดใหม่ที่มีลักษณะเป็นช่องเล็กๆระดับนาโน (nanopore) และโปรตีนที่มีความสามารถในการขับเคลื่อน nucleotide (motor protein) โปรตีนที่มีลักษณะเป็นช่องนั้นชื่อว่า α-Hemolysin ซึ่งเป็นโปรตีนบนเยื่อหุ้มเซลล์ของเชื้อ Staphylococcus
เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications (ep.1)
เทคโนโลยี nanopore เป็นเทคโนโลยีการหาลำดับ DNA และ RNA แบบสายยาวต่อเนื่อง ปัจจุบันได้มีการพัฒนาความถูกต้อง (accuracy) ความยาว (length) และปริมาณ (throughput) โดย nanopore
ผลการใช้งานเอนไซม์ RAA และ RPA ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่อยู่ในกลุ่ม Recombinase-Based Isothermal Amplification Assays ที่ทดลองใช้ได้ดีใน rapid detection ในโรค African Swine Fever Virus (ASF)
ไวรัส African swine fever virus (ASFV) เป็นโรคติดเชื้อในหมู ซึ่งส่งผลกระทบต่ออุตสาหกรรมการเลี้ยงหมูและวงการอาหารในระดับโลก และเป็นโรคที่มีการเฝ้าระวังซึ่งประกาศโดยหน่วยงาน World Organisation for Animal Health (OIE)
Recombinase Polymerase Amplification หรือ RPA
RPA เป็นปฏิกิริยาที่ทำงานโดยใช้อุณหภูมิเดียว (isothermal) สามารถใช้ทดแทน PCR ได้ มีความสามารถในการเพิ่มจำนวนและตรวจสอบปริมาณ nucleic acid ที่ปกติต้องทำในห้องปฏิบัติการ เปลี่ยนมาให้ใช้ในภาคสนามได้สะดวกขึ้น Recombinase Polymerase Amplification (RPA)
Bio-On-Magnetic-Beads (BOMB): Open platform for high-throughput nucleic acid extraction and manipulation EP.2
Simple synthesis of functionalised magnetic beads for nucleic acid manipulation Protocol #1: Synthesis of ferrite
