เทคนิคสำคัญขั้นตอนแรกสุดของการทำ DNA Sequencing โดย Revolugen (RevoluGen is at the strategic entry point for DNA sequencing)

เรามาเริ่มจากการทำความรู้จักกับเทคโนโลยีการแยกและการทำให้บริสุทธิ์ของกรดนิวคลีอิกกันก่อน หรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า “nucleic acid isolation and purification (NAIP) technologies” เทคโนโลยีนี้เป็นพื้นฐานแรกที่สำคัญและนำไปสู่การทดสอบและการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยที่หลากหลาย รวมถึงกระบวนการหาลำดับพันธุกรรมแบบ long-read sequencing ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมานี้ เทคโนโลยีในการหาลำดับพันธุกรรมแบบ

เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications Ep6 : Application – การประยุกต์ใช้ nanopore sequencing : Part 1

การประยุกต์ใช้ Nanopore Sequencing การอ่านลำดับพันธุกรรมสายยาว ความสะดวกในการพกพา และความสามารถในการทำ direct RNA sequencing ของเครื่อง ONT นั้นช่วยในงานได้หลายด้าน (Fig. 5) Fig.

เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications Ep5 : การวิเคราะห์ข้อมูล Data Analysis : Part 2

การตรวจหา DNA/RNA modifications เครื่อง ONT สามารถตรวจหาเบสที่ถูกดัดแปลง DNA/RNA modifications บางประเภทได้โดยตรง โดยการสังเกตความแตกต่างของสัญญาณที่เปลี่ยนแปลงจากเบสที่ไม่เกิดการดัดแปลง (Fig. 4, รูปตรงกลาง) แม้ว่าความละเอียดจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับว่ากำลังอ่านข้อมูลระดับปริมาณมาก (bulk

เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications Ep4 : การวิเคราะห์ข้อมูล Data Analysis : Part 1

การวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศ (Bioinformatics) เมื่อใช้ข้อมูลจาก ONT ได้ผ่านการพัฒนามาอย่างต่อเนื่อง (Fig. 4). นอกเหนือจากการเก็บข้อมูลภายในและการใช้รูปแบบเฉพาะทางแล้ว การวิเคราะห์ด้วย ONT ส่วนมากจะเน้นไปที่การใช้สัญญาณ ionic current เพื่อจุดประสงค์บางอย่าง เช่น

กลยุทธ์ที่ทำให้มีความถูกต้องของลำดับเบสเพิ่มมากขึ้น (Strategies to improve accuracy) EP.3

กลยุทธ์เพิ่มเติมที่จะช่วยเพิ่มความถูกต้องให้แก่การหาลำดับเบส  นอกเหนือจากการพัฒนาในส่วน nanopore และ motor protein แล้ว ยังมีกลยุทธ์อีกหลายอย่างที่ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อเพิ่มความถูกต้องในการหาลำดับเบส  คุณภาพของข้อมูลสามารถพัฒนาได้โดยการอ่าน dsDNA แต่ละสายซ้ำหลายๆรอบ เพื่อให้ได้ลำดับที่พบบ่อย (consensus sequence), คล้ายกับกลยุทธ์ที่ใช้กับ

เทคโนโลยี Nanopore sequencing, bioinformatics และ applications (ep.2)

การออกแบบของ ONT มีแนวคิดตั้งแต่ปี ค.ศ. 1980 ได้ค้นพบโปรตีนชนิดใหม่ที่มีลักษณะเป็นช่องเล็กๆระดับนาโน (nanopore) และโปรตีนที่มีความสามารถในการขับเคลื่อน nucleotide (motor protein)  โปรตีนที่มีลักษณะเป็นช่องนั้นชื่อว่า α-Hemolysin ซึ่งเป็นโปรตีนบนเยื่อหุ้มเซลล์ของเชื้อ Staphylococcus

Get in Touch with BioEntist