ไวรัส African swine fever virus (ASFV) เป็นโรคติดเชื้อในหมู ซึ่งส่งผลกระทบต่ออุตสาหกรรมการเลี้ยงหมูและวงการอาหารในระดับโลก และเป็นโรคที่มีการเฝ้าระวังซึ่งประกาศโดยหน่วยงาน World Organisation for Animal Health (OIE) ปัญหาคือในปัจจุบันยังไม่มีวัคซีนเพื่อป้องกันโรคดังกล่าว ดังนั้นการตรวจสอบด้วยความรวดเร็วจึงมีความสำคัญอย่างยิ่งในการป้องกันการแพร่ระบาดของ ASF
ด้วยวิธีการตรวจสอบด้วยเทคนิค Recombinase-based isothermal amplification assay ได้แก่ recombinase polymerase amplification (RPA) ที่ถูกพัฒนาโดย TwistDx (Cambridge, United Kingdom) หรือ recombinase-aided amplification (RAA) ที่ถูกพัฒนาโดย Qitian (Wuxi, China) จึงกลายเป็นเครื่องมือสำคัญในการทดสอบทางชีวโมเลกุลได้อย่างรวดเร็ว จำเพาะเจาะจงต่อโรค และราคาถูก ทั้งยังสามารถตรวจสอบเชื้อก่อโรคได้อย่างหลากหลาย
ในการทำการทดลองนี้ มีเป้าหมายที่จะศึกษา RPA/RAA ว่าควรจะนำไปประยุกต์ใช้ในสถานการณ์หน้างาน เพื่อความรวดเร็วและเฝ้าระวังเบื้องต้นสำหรับไวรัส ASF หรือไม่
การทดลองนี้ใช้ตัวอย่าง 152 ตัวอย่าง ที่ได้วินิจฉัยไปแล้วด้วยวิธีการที่ OIE แนะนำ ซึ่งได้แก่ qPCR โดยตัวอย่างที่ทดสอบมาจากหลายแหล่ง เช่น เลือด ม้าม ปอด ไต ตับ สมอง เป็นต้น
จากนั้นทางทีมวิจัยได้นำ RPA และ RAA มาใช้ แล้วมุ่งเป้าไปที่ยีน ASFV B646L gene (p72) และนำผลที่ได้ไปเปรียบเทียบกับ OIE real-time PCR
ผลที่ได้ก็คือ ค่า sensitivity ที่ได้จาก RPA และ RAA คือ 93.4 และ 53.6 copies ต่อ reaction ตามลำดับ (ที่ 95% probability) เมื่อกำหนดสภาวะไว้ที่ 16 นาที, 39◦C. พบว่ามีความจำเพาะต่อทั้ง 24 genotypes ของ ASFV และไม่พบ cross reaction ต่อเชื้อก่อโรคชนิดอื่น รวมถึง Classical swine fever virus (CSV), Foot-and-mouth disease virus (FMDV), Pseudorabies virus, Porcine circovirus 2 (PCV2), Porcine Reproductive and respiratory syndrome virus (PPRSV) ด้วยเช่นกัน
ผลการตรวจวัด (detection) พบว่าสามารถใช้ RPA, RAA ทดแทน real-time PCR ได้ในระดับยอดเยี่ยม เนื่องจากเมื่อใช้การคำนวณทางสถิติ kappa แล้วได้ที่ 0.960 และ 0.973 ตามลำดับ หรือเมื่อเทียบกับ real-time PCR แล้ว ความจำเพาะ (specificity) ของทั้ง RPA และ RAA เท่ากับ 100% (94.40% ∼ 100%, 95% CI) ในขณะที่ความไว (sensitivity) เท่ากับ 96.59% (90.36% ∼ 99.29%, 95% CI) และ 97.73% (92.03% ∼ 99.72%, 95% CI) ตามลำดับ
โดยสรุป การพัฒนาเทคนิค recombinase-based amplification assay (RPA/RAA) ให้ความน่าเชื่อถือได้ สามารถใช้เครื่องมือที่ออกภาคสนามได้ มี sensitive และ specific ที่ยอดเยี่ยมและตรวจวัดไวรัส ASF ได้อย่างรวดเร็ว โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสถานที่ที่มีข้อจำกัดเรื่องห้องปฏิบัติการ แต่มีความจำเป็นต้องตรวจสอบไวรัสชนิดนี้
ที่มาจาก: Clinical Validation of Two Recombinase-Based Isothermal Amplification Assays (RPA/RAA) for the Rapid Detection of African Swine Fever Virus
METHODS published: 21 July 2020 doi: 10.3389/fmicb.2020.01696
