1. Solution-based
วิธีการสกัดแบบนี้ มีราคาต้นทุนต่อตัวอย่างถูกมาก แต่ก็ต้องแลกมาด้วย skill ของผู้สกัดก็สูงเช่นกัน ระยะเวลาการสกัดก็นานกว่าวิธีอื่น เครื่องไม้เครื่องมือในการ set lab ก็มากมายพอสมควร และที่ต้องพึ่งคำนึงมากๆ คือ ความอันตรายของสารเคมี (เช่น phenol and chloroform) ที่ใช้ ทั้งต่อตัวผู้ปฏิบัติ และ ต่อสิ่งแวดล้อมหากกำจัดไม่ถูกวิธี ซึ่งถ้ากำจัดถูกวิธีก็ต้องมีค่าใช้จ่ายอีก ก็จะกลายเป็น cost แผง ที่เราไม่ค่อยคำนึงถึง ทั้งนี้ทั้งนั้น ผมว่าวิธีนี้เหมาะกับ lab ที่ปริมาณตัวอย่างต่อวันไม่มาก ผู้ปฏิบัติมีความรู้ความเข้าใจ และต้องการ DNA ที่มีคุณภาพและปริมาณสูง จึงเหมาะกับแลปวิจัยซะมากกว่า
2. Column-based
วิธีได้รับความนิยมพอสมควรเนื่องจากขั้นตอนไม่ยุ่งยาก เข้าใจง่าย สามารถฝึกคนได้ง่าย แต่ก็แลกว่าด้วยราคาต่อตัวอย่างที่สูงพอสมควร แต่สิ่งที่ผมอยากจะฝากให้คิดคือ วิธีนี้มีขั้นตอนการล้าง (washes) และ ปั่นเหวี่ยง หลายรอบมาก ซึ่งเสียเวลามาก แม้ว่าใน protocal จะเขียนว่าปั่นไม่นาน แต่ถ้าท่านทำงานจริงการหยิบเข้าหยิบออกจาก Centrifuge มันกินเวลามากทีเดียว อีกทั้งยังได้ปริมาณ DNA ไม่มากนัก จึงไม่เหมาะที่จะใช้กับทุก Application วิธีนี้จึงเหมาะกับที่มีปริมาณตัวอย่างที่ค่อนข้างมาก และเป็นงานทดสอบที่ใช้ปริมาณ DNA ไม่มากนัก งานด้วย Detection ต่างๆ เช่น ตรวจโรคกุ้ง ตรวจ GMO เป็นต้น
3. Magnetic separation
วิธีนี้กำลังได้รับความนิยมอย่างต่อเนื่อง เนื่องจากไม่ต้องใช้เครื่องมือมากเท่ากับ 2 วิธีก่อนหน้า แล้วยังสามารถปรับใช้กับระบบอัตโนมัติได้อีกด้วย อีกทั้งได้ DNA ที่มีคุณภาพสูง แถมยังปรับให้ได้ปริมาณ DNA อย่างที่เราต้องการได้ ขั้นตอนการสกัดไม่ยุ่งยาก ง่ายต่อการเรียนรู้ แต่ทั้งหมดนี้ก็แลกมาด้วยราคาต่อตัวอย่างที่สูงกว่าวิธีอื่นๆ ผมจึงคิดว่า วิธีเหมาะที่สุดสำหรับห้อง Lab ที่มีปริมาณตัวอย่างมากๆๆๆๆ และมีแนวโน้มที่จะมากดขึ้นเรื่อยๆ เพราะเราสอนกันง่ายจึงฝึกคนได้ง่าย ขยายแลปได้ง่าย หรือจะเอาให้ขีดสุดจริงก็ยังสามารถใช้เครื่องจักรเข้ามาช่วยได้ วิธีนี้จึงตอบโจทย์กับห้อง lab ที่มีปริมาณตัวอย่างมากนั้นเอง
Cr. https://www.sepmag.eu/blog/choosing-the-appropriate-dna-extraction-protocol
ผลิตภัณฑ์ที่เกี่ยวข้อง
MAGTEC, NANO MAGNETIC BEADS FOR VIRUS EXTRACT DNA/RNA, BIOENTIST, THAILAND
