ขั้นตอนแรกในกระบวนการทำกรดนิวคลีอิกให้บริสุทธิ์โดยใช้อนุภาคแม่เหล็กคือการเลือกวิธีการเคลือบและการใช้งาน ในขณะที่อนุภาคเหล็กออกไซด์สามารถจับ DNA หรือ RNA ได้ แต่ก็อาจจะจับกันเป็นกลุ่มก้อนไม่ได้ จึงต้องมีการเคลือบด้วยหมู่เคมีที่พื้นผิว นอกจากนี้การเคลือบยังช่วยป้องกันการจับตัวเป็นก้อนที่ไม่พึงประสงค์และยังช่วยเพิ่มการดูดซับของกรดนิวคลีอิกให้กับพื้นผิวของอนุภาคแม่เหล็ก การทำหน้าที่ของโมเลกุลที่มาเชื่อมต่อนี้ ทำให้อนุภาคเหล็กออกไซด์สามารถดูดซับกรดนิวคลีอิกได้ดีขึ้น การควบคุมหมู่เคมีของพื้นผิวยังช่วยให้สามารถจับ DNA หรือ RNA ได้โดยเฉพาะ

ขั้นตอนต่อไปคือการบ่มอนุภาคแม่เหล็กด้วยสารละลายเซลล์ที่มีสารทำให้เซลล์แตก กรดนิวคลีอิกจะจับกับอนุภาคแม่เหล็กในขณะที่สารปนเปื้อนเช่นโปรตีนและโพลีแซคคาไรด์จะไม่จับ กับอนุภาคแม่เหล็ก กรดนิวคลีอิกที่จับกับแม่เหล็กนั้นจะถูกสนามแม่เหล็กภายนอกและถูกดึงไปรวมกันที่ด้านข้างของภาชนะ สิ่งปนเปื้อนอื่นที่ไม่ต้องการจะถูกชะล้างและแทนที่ด้วยสารละลายบัฟเฟอร์ที่สะอาด สนามแม่เหล็กที่ใช้จะถูกดึงออกและปลดปล่อย DNA หรือ RNA ออกมาจากอนุภาคแม่เหล็ก โดยการใช้บัฟเฟอร์ที่เหมาะสม ขึ่นอยู่กับสารเคมีบนพื้นผิวของอนุภาค

กระบวนการทำให้บริสุทธิ์ทั้งหมดสามารถเกิดขึ้นในภาชนะเดียว ไม่มีคอลัมน์หรือการหมุนเหวี่ยงอีกต่อไป ความบริสุทธิ์ของสารพันธุกรรมที่สกัดนั้นขึ้นอยู่กับประสิทธิภาพในการจับและประสิทธิภาพการแยกสาร ประสิทธิภาพการจับขึ้นอยู่กับฟังก์ชั่นของการเคลือบอนุภาคแม่เหล็กและสารเคมีที่ใช้ และประสิทธิภาพในการดึงแม่เหล็กมารวมกันเป็นหน้าที่ของระบบแยกที่ใช้งาน